使用Gaussian来搜索过渡态
使用Gaussian来搜索过渡态 经过前端时间的爆肝工作后，现在终于可以挣得一些喘息的时间来完成自己的课题了，不过准备着手开始干了才发现我自己对于计算过渡态真的是一无所知，所以这里我打算还是继续学习一下使用Gaussian来计算搜索过渡态，还是通过复现文献的手段来实现吧。 参考文献是这一篇文章： Density Functional Theory Research into the Reduc
Gromacs的学习以及应用（五）
Gromacs的学习以及应用（五） 接下来继续复现之前讲的文献中的内容，先看看正文里面作者算了哪些性质： 其实看上去还是很简单的，最开始先有一个ESP的计算，这个是通过量化计算方法得到的，我在前面有过简单的描述，然后就是径向分布函数(Rdf)以及由它计算得到的配位数(Coordination Number)，最后就是统计了不同体系的氢键数量。 这里再把SI里面计算方法的部分截图放出来，方便后面
Gromacs的学习以及应用（四）
Gromacs的学习以及应用（四） 这里就不贴复现的文章内容了，有兴趣的可以去看前面的博客 简介 上一章中解决的其实是Gromacs的外源性内容，即无论是top文件还是结构文件，这些都是要我们通过自己的手段去获得的，哪怕是Gromacs自带的力场参数，也是要我们自己进一步改造编写，从而生成自己的top文件，而结构文件则需要我们自己去建模，然后还要用Gaussian这样的量化计算软件去先帮我们把
Gromacs的学习以及应用（三）
Gromacs的学习以及应用（三） 这里继续对前面一篇博客的内容，先把要复现的文章内容贴在这里： 简介 首先需要尝试的是gmx insert-molecular这个指令，我想要创建一个基于OPC水模型的盒子，包含1000个水分子以及30个Zn盐，这里以Zn(CF3SO3)2为例。 这里插入离子最好的方式我认为应该是genion这个指令，但是genion对输入文件要求tpr格式的文件，我着实很难
Gromacs的学习以及应用（二）
Gromacs的学习以及应用（二） 这里的参考文献是ACS Energy Lett. 2021, 6, 2704−2712，下图是对其中SI的分子动力学计算部分的截图，可以看一下如果要复现这篇文章，需要哪些东西： 一点一点的分析，这篇博客的主要内容就是我的学习笔记了。 这里有个疑问，为啥他在计算的时候会用Amber的力场，Amber力场里面不都不包含这些原子类型吗？而且我能看到的教程也好，博客
Gromacs的学习以及应用（一）
Gromacs的学习以及应用（一） 准备输入文件 盒子的分子结构文件 需要单个分子的pdb文件生成盒子的pdb文件，然后将pdb格式的盒子文件转化为gro文件。(这里看官方文档不是说pdb文件也可以作为分子结构文件？是否意味着这里无需转化） 这里我找的工作流如下： 通过MS建立小分子的模型结构，这里以水和甲醇两种分子为例，建立好模型后将其转化为pdb格式的文件。 将文件传输到服务器上，使
ChatGPT的尝试
ChatGPT的尝试 说实话我对人工智能的了解有限，但是最近听说这个ChatGPT非常的火爆，这里就想跟风尝试一下这个玩意儿，此外听说这个东西还可以帮助我们写代码甚至写论文大纲，那我就对它比较感兴趣了，想着能不用一下，体验一下它对的功能。 ChatGPT的账号注册与登录 这里我想试着用自己的邮箱去注册的，但是我很快就放弃了，因为国内的电话号码没办法接受它发过来的验证码（国内是不支持这个项目的，
一些小脚本来提高工作效率（二）
一些小脚本来提高工作效率（二） 在上一部分中我写了一个批量提交任务的小脚本，现在计算完成了自然需要对计算结果进行处理，所以我又鼓捣了一下，弄一个可以自动批量导出想要数据的脚本。 自动批量提取CONTCAR以及输出结果中能量的脚本 这里就以提取计算的能量为例子，根据之前写的脚本，目录下会有很多以数字命名的文件夹，每一个文件夹里面就是一个模型的计算内容，所以在最开始提取数据的时候可以用数字通配符进
