Gromacs计算气体在碳层间的扩散 气体的筛分中，有一种方法就是通过炭材料来实现气体的高效筛分，而这个过程涉及到的是气体与炭材料之间的界面作用，这个过程很难通过DFT方法来对齐进行解释分析，所以可以通过MD方法来研究，所以通过Gromacs来研究这种固气界面的研究就很重要了，而且这样类似的研究也可以应用在电解液-电极材料的界面反应中。 计算的思路 对于气体在炭材料中的扩散，可以通过一些特定的

VASP计算AIMD的报错解决 出现问题：Information: wavefunction orthogonal band 243 0.8845 参考链接 The message indicates that bands have crossed during the scf procedure, which causes difficulties in the extrapolation

Pymatgen的学习以及应用 Pymatgen对于材料计算来说是一个非常有用的库，我前段时间基于这个库写了一个有关层状氧化物生成POSCAR的脚本，具体来说是使用了里面对Ewald能量的求解来帮我初步筛选一些能量，不过这个库的确是可以非常便捷的帮我编辑结构。 由于对这个库的使用一部分上涉及到了我课题的核心部分，所以代码肯定是不能全部放出来了，但是我会放出部分代码来作为教学，记录一下，此外也会

Nanodcal的学习与应用-Cu-BP半导体的相关计算 0. 简述 由于参加了鸿之微的培训，培训结束有一个考核，需要完成一个小课题，所以爆肝了一段时间把这个课题搞定了，然后这个过程肯定是要记录下来的，一个是为了交作业，另外一个则是为了记录下来方便以后查阅，就记录在这里了。 1. 建模 1.1 Cu(1 1 1)界面的搭建 1.1.1 模型的导入 通过DS创建一个新的项目之后，直接导入Cu的晶体文

VASP通过CI-NEB计算气体在孔内的扩散 突然发现我的博客里面竟然没有我用的最多的vasp的教程，这怎么可以，正好最近在开展一个关于气体扩散的课题，我就想着用CI-NEB来计算一下气体的扩散能垒，用以验证实验结果的推论。 前言 这次课题是一个炭材料脱氢的工作，大概就是需要我们计算一下氢气在特定的炭材料孔洞中的扩散能垒，具体的工作中肯定是要计算好多个模型来进行对比的，我这里作为一个教程，就只

Device Studio的了解学习 Device Studio 感觉是Device Studio类似于Material Studio，这个软件应该是想打造一个国产的多尺度模拟计算集成的软件包，而且它还集成了远程超算中心，属于是将理论计算的全流程给集成了。 关于License 目前来看这个软件还处于推广阶段，基本上注册一个账号就会有这个软件的使用权限，而且还会赠送一定的计算机时，不过这些计算只能

计算溶液的配位环境 继之前得到乙腈分子的拓扑文件之后，进一步的我就要开始模拟计算溶剂的配位环境了，这里就把教程继续写下来吧，越写教程肯定是会的越多的，这篇博客的目的主要是为了记录下这次计算的全过程，所以我是从开始写文件的同时也开始写这篇博客，力保整篇博客能够完全囊括从初期准备到计算数据后处理全过程的内容，同时有什么报错也会写进来并把解决办法一并附上。 top、itp文件的编写 之前在学习的时候

乙腈分子力场参数的获取 最近计算一个体系要用到乙腈的模型，这里就想顺手在生成乙腈分子拓扑文件的时候记录一下，毕竟教程肯定不会嫌多的。 建模并优化—Gaussian 通过Gaussian先对建模的乙腈（AN）分子进行结构优化，并获取它的fchk文件，一下是建立的模型： 导出gjf格式的文件，然后修改一下gjf的文件内容，一定要记得加上freq关键词： 123456789101112131415

基于sobtop的Windows下获取小分子的top文件 GSW 计算，获取chk，转化为fch文件 使用sobtop生成top文件 最近的一些工作涉及到类似于氮气，氢气这样的小气体分子的动力学模拟，所以需要得到这些小分子模型的力场参数，而最近课题组的服务器资源比较紧张，小分子优化也花费不了多少时间，所以我就想着直接用win版的高斯结合着sobtop来生成top文件了。 Gaussian优化小

CALYPSO的学习与探究 对于做电极材料的人来说，确定离子在电极材料中的排布是获得一个准确的模型的前提条件，之前我在计算层状氧化物中层间的钠离子排布的时候，就是自己随意的建立了一个模型进行计算，这样的方法其实具备一定的偶然性，我建立的模型并不一定准确，所以如何确定这个层间的钠离子排布是一个棘手的问题，我不可能手动的建立很多个模型去计算对比能量，而且对于不同的荷电状态，这样的工作量会几何式上涨。