Gromacs2018的安装
Gromacs2018的安装
最近换到了外面的超算进行课题的计算，这个超算上自带的Gromacs并不好用，貌似都没有编译mpi，所以对于正常使用非常的不方便，所以我决定自己尝试着安装一遍
主要的安装步骤还是参考的sobereva的安装步骤
GROMACS的安装方法（含全程视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
Cmake的安装
对于Cmake的安装我参考的是这个知乎的帖子：
直接在官网上下载了一个编译好的压缩包，上传到服务器上解压，然后配置了一下环境变量，主要原因是这个超算的cmake版本是2.x的版本，而Gromacs2018需要Cmake3.x的版本才能编译（突然明白了为啥这个超算没有对Gromacs进行mpi编译了）
直接用编译好的版本就非常方便了，到官网上下载对应的版本：
官网的下载页面链接在这儿：
下载好之后上传到服务器，解压：
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然后切换到解压后的目录下，用pwd查看当前路径：
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复制一下当前的路径，然后修改环境变量，将各个获得的路径添加到环境变量中：
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在.bashrc文件中添加：
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其中/data/home/df103503/df103503/soft/cmake-3.27.0-rc2-linux-x86_64/bin这个路径就是pwd返回的路径，这样修改环境变量就修改好了，然后source一下即可：
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这样就配置好了，输入以下代码可以看看，如果返回的是3.27的版本，跟你下载的版本一致，那就配置好了：
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以下是我返回的值：
安装FFTW库
FFTW库在sobereva的帖子里面直接贴出来了，可以直接下载，不过这个也有官网的存在，可以去官网下载，但是sobereva的帖子中所说的是Gromacs2018要求的是FFTW 3.3.8，而官网上的版本为3.3.10：
我这里为了避免出错还是用的3.3.8，将这个压缩包上传到服务器，然后解压，解压之后进入到目录下，输入：
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其中~/soft/fftw338就是安装路径，我在最后将–enable-avx2加上了，我觉得这个服务器应该是支持AVX2指令集的。
这个执行:
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这个编译完成后就会多出来一个fftw338文件。
安装Gromacs
前面的准备步骤做完了就可以开始编译安装Gromacs了，将Gromacs的压缩包解压，然后进入到目录下，创建一个build的目录，依次的指令为：
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这样提前用cmake配置好之后，就可以用make进行编译了，继续执行指令：
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这个时候等一会就行了，很快就能编译完成。
关于指令集的修改
在按照上面的配置编译之后，后续在运行的过程中很可能服务器会提醒一个关于指令集的Note，这个可能会导致计算速度非常的慢，比如我这里在安装好之后，计算的过程中就有提醒：
这就是指令集的问题，同时也会有这个提醒：
所以在cmake操作那一步还是需要有一定的调整，将原来的cmake指令改为如下的指令：
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在后面添加了-DGMX_SIMD=AVX2_256 和-DGMX_USE_RDTSCP=ON，关于-DGMX_USE_RDTSCP=ON由于是Gromacs软件建议添加的，具体添加了会引发什么效果也不清楚，但是这样添加之后对编译并没有什么影响。能够正常完成编译。
配置环境变量
接下来就是配置环境变量了，这个时候要注意，很可能你之前用过其它版本的Gromacs，已经加载过一些环境变量了，而这个时候加载的可能是临时的，所以会让你在这次登录的时候能够正常使用，而到下一次登录服务器的时候就提醒你缺少一些共享库了，所以还是要好好配置一下环境变量。
Gromacs需要的主要有两个环境，一个是gcc，一个是inteloneapi（这里我是参考的之前的版本配置好的文件内容），这个可以看看之前能正常运行的版本，一半运行之前会source一个文件，可以打开这个source的文件看看，比如我这里打开source的gmxbarc文件，出现了以下内容：
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最后一个就是我们配置gmx的环境变量，而前面两个则是配置gromacs运行所需的其它环境，因此理论上来说，我们需要将这两个环境变量也添加到我们自己的登录用户上，或者直接点，我们可以在自己的Gromacs文件中也写一个这样的gmxbarc文件，但是呢修改以下最后gromacs的路径。
首先，我们切换到刚刚我们编译好的Gromacs的目录下，进入到bin目录，然后pwd一下，复制返回的链接，然后直接在当前目录vim gmxbarc，创建一个gmxbarc文件，然后将上面的内容复制进去，最后的路径则改为刚刚复制的路径。操作如下：
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新的gmxbarc文件内容如下：
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这个时候gmxbarc的这个文件所在的路径就是我们刚刚pwd返回的路径，所以我们可以继续复制这个路径，然后将这个gmxbarc文件添加到环境变量中：
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在.bashrc的最后添加：
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最后source一下这个dot文件：
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这个时候环境变量就配置好了，gmx就可以正常使用了。