一些小脚本来提高工作效率（二）

在上一部分中我写了一个批量提交任务的小脚本，现在计算完成了自然需要对计算结果进行处理，所以我又鼓捣了一下，弄一个可以自动批量导出想要数据的脚本。

自动批量提取CONTCAR以及输出结果中能量的脚本

这里就以提取计算的能量为例子，根据之前写的脚本，目录下会有很多以数字命名的文件夹，每一个文件夹里面就是一个模型的计算内容，所以在最开始提取数据的时候可以用数字通配符进行匹配：

#!/bin/bash

#一个简单的例子验证数字的通配符，提取所有以数字命名的文件夹中OUTCAR所记录的Elapsed time
for i in [[:digit:]]*; 
do
cd $i
grep Elapsed OUTCAR
cd ..
done

能够匹配到需要的文件名，接下来就是想办法把文件夹中的的计算结果给提取出来，要提取最后的E0，那么在OUTCAR中，可以用without来定位，直接用grep会输出每一个离子步的能量，所以需要加个管道，限制一下输出最后一个能量。

[jason@cabc1 1]$ grep without OUTCAR | tail -1
  energy  without entropy=     -643.64907689  energy(sigma->0) =     -643.649076          89

这里输出得第四列的数据就是我们需要的能量，那么就需要提取第四行的数据，就可以接着加管道，这里用awk指令提取第四列的数据。

[jason@cabc1 1]$ grep without OUTCAR | tail -1 | awk '{print $4}'
-643.64907689

这里就可以直接输出数据了，那么接下来就是将数据与文件夹的名字对应上，再一并写入一个文件中存储下来，这里我想到的就是用echo指令，将其传入一个dat文件中，也方便我以后作图。

这里是第一个版本的脚本，但是它有个问题，我后面会写到，现在先看看它的内容：

#!/bin/bash

for i in [[:digit:]]*; 
do
energy=$(grep without $i/OUTCAR | tail -1 | awk '{print $4}')
user_time=$(grep User $i/OUTCAR | awk '{print $4}')
echo -e $i "\t" $energy "\t" $user_time >> temp.dat
done
cat temp.dat | sort -n -k 1 > energy.dat
rm temp.dat

为了方便观看，而且也为了方便以后提取其它数据，我在这里将要输出的值设置为了变量，然后为了便于更新数据，我这里用来一个临时文件来存储，然后覆盖掉之前可能存在的energy.dat，同时也加了一个管道，方便将数据按照文件夹得ID排序。以下是该脚本的运行后的输出结果，三列数据分别为文件夹ID、能量以及计算所花费得时间：

1        -643.64907689   3770.198
2        -648.77401987   18354.893
3        -645.56564862   3639.488
4        -644.62194252   7893.163
5        -644.24128033   5277.247
6        -648.77562926   18630.310
7        -643.25510646   5050.607
8        -643.88796249   4794.712
9        -643.74892600   4198.806
10       -643.26433379   6070.860
11       -644.12074039   4590.720
12       -644.55863296   17621.683
13       -644.16422193   6542.457
14       -644.08878990   5682.525
15       -644.08216501   4474.155
16       -643.63296216   4893.096
17       -644.17025463   4363.964
18       -643.97433524   4194.030
19       -644.22827453   3129.496
20       -647.30847443   13732.272

后面我突然想到，这么多个模型，我怎么能够保证它就都达到了收敛标准了呢，所以我需要验证一下它是否达到了收敛标准，这里我采用的方法就是，先用tail指令获取slrum.out的最后一行数据，如果计算达到了收敛标准，那么最后一行的值应该为reached required accuracy - stopping structural energy minimisation，如果不是，那么就没有达到收敛标准，这里就用来bash的if语句来判断一下。

这里有点坑的是，最后那句reached required accuracy - stopping structural energy minimisation前面是有一个空格的，这个空格的原因让我debug了半天，if语句死活无法得到正确的判断效果。

然后为了方便导出CONTCAR文件，我又添加了一个将所有目录下的CONTCAR文件打包到一个文件夹下的命令，顺便将输出的energy.dat也挪到了那个文件夹下，以下就是最终的脚本：

#!/bin/bash

# echo -e "File_name" "\t" "Energy witout entropy" "\t" "User Time(Sec)" >> temp.dat

verification=" reached required accuracy - stopping structural energy minimisation"
wrong_warning="Don't reach the convergence standard"

if [ ! -d "result/" ];then
mkdir result
fi

for i in [[:digit:]]*;
do
energy=$(grep without $i/OUTCAR | tail -1 | awk '{print $4}')
user_time=$(grep User $i/OUTCAR | awk '{print $4}')
calculate_fi=$(tail -1 $i/*.out)

cp $i/CONTCAR ./result/"$i"CONTCAR

if [ "$calculate_fi" = "$verification" ]
then
echo -e $i "\t" $energy "\t" $user_time >> temp.dat
else
echo -e $i "\t" "$wrong_warning" "\t" "$user_time" >> temp_wrong.dat
fi
done
cat temp.dat | sort -n -k 1 > ./result/energy.dat
if [ -e temp_wrong.dat ]
then
cat temp_wrong.dat >> ./result/energy.dat
rm temp_wrong.dat
fi
rm temp.dat

这里我创建了一个临时文件，主要的目的是为了将没有收敛的数据排到后面去，免得后面在作图的时候还要再自己手动挪一遍。以下是这个脚本的运行结果：

1        -643.64907689   3770.198
3        -645.56564862   3639.488
4        -644.62194252   7893.163
5        -644.24128033   5277.247
7        -643.25510646   5050.607
8        -643.88796249   4794.712
9        -643.74892600   4198.806
10       -643.26433379   6070.860
11       -644.12074039   4590.720
13       -644.16422193   6542.457
14       -644.08878990   5682.525
15       -644.08216501   4474.155
16       -643.63296216   4893.096
17       -644.17025463   4363.964
18       -643.97433524   4194.030
19       -644.22827453   3129.496
20       -647.30847443   13732.272
12       Don't reach the convergence standard    17621.683
2        Don't reach the convergence standard    18354.893
6        Don't reach the convergence standard    18630.310

可以看到还是有几个模型没能够收敛，后面我去看了一下，普遍是因为达到了离子步上限了，我看了一下CONTCAR文件，结构也已经严重变形，算是可以被舍弃掉的模型了。