遍历法搜索环氧基团的位点（二）

此前计算的一次性提交的大量模型现在已经计算完成了，这里对计算结果进行后处理。

这里我也是为了这个后处理写了一个小脚本，具体可以参考这篇博文

$Mn-N_1O_3$的数据后处理

在取得了文件ID与对应的能量之后我们就可以画图了，我把没有收敛的模型的能量也画进了图中

再附上通过脚本获取的原始数据，三列数据分别为模型编号，能量，计算花费的时间：

1        -643.64907689   3770.198
3        -645.56564862   3639.488
4        -644.62194252   7893.163
5        -644.24128033   5277.247
7        -643.25510646   5050.607
8        -643.88796249   4794.712
9        -643.74892600   4198.806
10       -643.26433379   6070.860
11       -644.12074039   4590.720
13       -644.16422193   6542.457
14       -644.08878990   5682.525
15       -644.08216501   4474.155
16       -643.63296216   4893.096
17       -644.17025463   4363.964
18       -643.97433524   4194.030
19       -644.22827453   3129.496
20       -647.30847443   13732.272
12       Don't reach the convergence standard    17621.683
2        Don't reach the convergence standard    18354.893
6        Don't reach the convergence standard    18630.310

先看看没有收敛的2，6，12号模型在结构优化后的情况：

根据能量图，可以看出2，6号发生了严重的畸变，这种能量也时相当的低，环氧基团也已经不存在了，但是12号能量没有降到特别低，结构也还合理的保留了，可能就是这个点比较难收敛。下面的是3号模型和20号模型优化后的结构图

虽然20号模型成功收敛了，但是它的环氧基团也没有了，而3号模型则成功的保住了环氧基团，能量还达到了最低。这里有点奇怪的就是，3号模型很明显它的环氧基团离锚定Mn原子的氧原子很近，但是它依然能够稳定存在，反观其它情况下的环氧基团，如果离氧原子这么近的话，就很难保持环氧基团的稳定存在。

$Mn-N_4$的数据后处理

以下是该构型计算后通过脚本导出的数据：

1        -654.24998898   5388.359
2        -653.83941373   5084.687
3        -654.46148834   4026.702
4        -653.81609563   4079.763
5        -654.32247665   4061.060
6        -654.05254090   6064.709
7        -654.41320650   2949.764
8        -654.09316953   3226.237
9        -654.22958000   3727.302
10       -653.05877028   6668.395

这里可以看出所有的构型都收敛了，而且计算所花费的时间普遍不长。用这个数据导入到origin中作图。

导出优化的模型，以下为3，7以及10号模型优化后的结果

可以看出$Mn-N_4$的构型下环氧基团能够稳定存在。

结论分析

这里我想或许要推翻之前的结论，与O离得太近并不是发生畸变的主要原因，环氧基团应该还是主要受到O和N的共同作用，当同时受到这两个原子的影响的时候，它的位置就会失衡，从而导致氧原子的偏移，最终被Mn原子俘获，转而被吸附在Mn原子上，导致环氧基团结构的消失。

当然，这里也不是写论文，我得出的结论也是很浅薄的，不过这整个工作下来，对我批量计算并处理结果的能力是一个小小的锻炼，也算是提升了我的能力（也水了好几篇博客了）