ClayFF力场应用于SiO2材料的小脚本-Gromacs 最近要在Gromacs的模拟中用到ClayFF力场，主要是用在界面相互作用的固相材料上面，在模拟中这部分材料的原子大部分都是会被固定的，只有表面部分的羟基氢会被设定为放开，从而保证表面的相互作用，在实际应用的过程中，为了将参数文件合理的分配给每个原子，我没能找到现成的方案，无奈之下选择自己写个简单的脚本来实现这个功能。 Clayff.

通过Material Studio创建矿物裂隙 主要是用Material Studio(MS)的Build Layer功能来曲线救国的创建矿物裂隙模型。之前模拟炭材料的时候我也需要建立类似的孔隙结构，但是均一元素的石墨结构可以很方便的直接从中间删除部分碳层而实现孔隙模型的搭建，对于矿物结构来说，其由多种元素构成，而且往往模拟过程中对暴露的晶面也有要求，这个时候就需要对模型进行特定的处理来实现这个

Rocky Linux9配置CUDA 用服务器进行显卡加速的时候，对于Nvidia显卡，需要用到cuda工具包，因此需要提前安装好这个工具之后再对计算软件进行编译。 禁用原始的显卡驱动 先用以下指令查看一下nouveau相关的信息，一般如果机器有显卡的话，执行下面的命令会返回很多信息： 1lsmod | grep nouveau 禁用这个驱动需要创建一个black_list文件，用以下指令在指

Rocky Linux9 安装VASP6.4.3（AOCC_AOCL_OpenMPI） 因为我们的机器是AMD的cpu（7R32），在用intel oneapi尝试过编译VASP之后发现运行速度很慢，根本无法发挥机器的全部性能，折腾了好久，最后迫于无奈转战用AOCC+AOCL+OpenMPI这一套来编译vasp，编译出来的速度能够达到正常的计算速度，跟网上别人的计算速度也对比了，没啥大问题，安装的

Rocky Linux9安装Slurm 基于Rocky Linux9安装Slurm系统，所有的安装都是基于root用户进行的，因此使用此教程的时候请确保你的root权限，安装默认机器是全新安装系统的服务器，对基础环境的配置也会同步进行。Rocky Linux9可以用yum和dnf两种方式来安装软件，目前来看这二者没有什么差异，因此我在安装过程中还是以yum为主。 1. 基础环境配置与软件安装

基于Material Studio建立曲面石墨烯的模型 最近又回到了ORR课题的计算，原本以为这部分课题已经结束，结果还要补充一部分内容，这次补充的内容是形貌方面的，所以涉及到对弯曲石墨烯的建模，原本以为这是一个非常简单的东西，但是实际操作起来，一个是网上有关这方面的讨论并不算太多，也很难说给出了一个比较好的解决办法，二一个是我打算建立一个小的和一个大的模型，分布用于DFT和MD模拟，所以普通的

多软件协同的Gromacs批量MD模拟计算 此前我更新过几篇博客，是关于一些提高工作效率的小脚本，其实当时是想将它当作一个长期更新的帖子更新的，但是后面发现我写的小脚本越来越多，功能也愈发繁杂，涉及到的软件太多了，而且是shell语言加python语言杂乱着来的，功能更新也很快，就导致每次想写相关的博客的时候都感觉可能我可以把脚本写的更好再写，但是也就一直拖拖拖，到现在也没能继续完成，所以最近又

gmx msd的进一步探究 前段时间我分享了一个关于气体在炭材料里面扩散的Gromacs模拟的教程，那么众所周知，这个扩散过程肯定就是跟扩散系数是息息相关的，也就是说我们可以进一步的计算气体在材料中的扩散系数来更加准确的描述我们的体系，毕竟这个扩散系数是可以通过实验测量得到的，而计算扩散系数就绕不开均方位移的计算（MSD），gromacs将计算msd的功能集成为gmx msd模块，这个功能非常简

Google mail与ChatGPT的注册 之前我更新过一篇有关ChatGPT的博客，哪儿时候还是ChatGPT刚开始爆火的时候，国内对它的限制并不严格，我的账号还是在某宝上买的，但是随后OpenAI开始对国内用户加以限制，临时邮箱无法用于注册，再然后qq邮箱，163邮箱等国内常用的邮箱均无法注册，还有封ip等一系列操作，极大的限制了国内的用户，虽然我很幸运的赶上了最后一批购买的窗口（当时购买

Gromacs2018的安装 最近换到了外面的超算进行课题的计算，这个超算上自带的Gromacs并不好用，貌似都没有编译mpi，所以对于正常使用非常的不方便，所以我决定自己尝试着安装一遍 主要的安装步骤还是参考的sobereva的安装步骤 GROMACS的安装方法（含全程视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com) Cmake的安装 对于Cmake